Ninguna enfermedad infecciosa cobró tantas vidas en el tiempo e inicio de la Guerra de Independencia de México como el cólera morbus, provocada por la bacteria Vibrio cholerae. Aparentemente llegó a México a raíz de un fuerte brote epidémico en India, en las riveras del Ganges en los primeros años del siglo XIX.
Esta enfermedad, que se difunde rápidamente a través del agua aparentemente sucia pero infectada, se caracteriza por provocar en los pacientes diarrea, vómitos, secreción, cólicos y fiebre. Esta bacteria es proveniente de Asia.
El toque de alarma de esta epidemia se dio en 1813 en Cuautitlán, en lo que hoy es parte del Estado de México. En ese poblado, el rápido brote infeccioso dejó como saldo 3 mil 114 muertes en el lapso de siete meses. Siete años después un brote de la misma enfermedad se registró en las batallas por la independencia alrededor de la ciudad de Puebla.
Estos dos primeros brotes fueron controlados aislando a la población y mejorando las condiciones de limpieza, sin embargo la enfermedad regresó de manera más agresiva en los primeros años de vida independiente, en 1833.
El segundo brote de cólera morbus en Puebla provocó la muerte de 3 mil 49 personas en cuatro meses, según las actas de defunción del Campo Santo Nuevo de San Javier, estudiadas y publicadas por el historiador Miguel Ángel Cuenya, de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP).
En 1833 se dispersa el cólera morbus por diferentes estados de la República Mexicana: Tampico, Campeche, Yucatán, San Luis Potosí, y Guanajuato. Posteriormente Guadalajara y Monterrey estaban bajo la influencia del cólera, esta enfermedad cobró en México en tan sólo 24 horas la muerte de 1200 personas, esto por situaciones insalubres.
Al finalizar el siglo XIX y desde el inicio del movimiento independiente, el cólera dejó 324 mil muertes aproximadamente en toda la república.
En 1859 crearon los panteones civiles, y erradicaron la práctica de depositar los cadáveres en los atrios de la iglesia. No fue sino hasta el año de 1901 que esta pandemia, dejó de ser causa de mortandad.